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Guide pratique

CIR, CII et JEI : les dispositifs des start-up innovantes

Les start-up et entreprises innovantes peuvent s’appuyer sur trois dispositifs publics : le crédit d’impôt recherche (CIR), le crédit d’impôt innovation (CII) et le statut de jeune entreprise innovante (JEI). Bien utilisés, ils allègent fortement le coût des projets ; mal documentés, ils exposent à un remboursement lors d’un contrôle. Voici les principes à connaître.

Le crédit d’impôt recherche (CIR)

  • Pour quels travaux ? De la recherche fondamentale, de la recherche appliquée ou du développement expérimental, c’est-à-dire des travaux qui cherchent à lever une incertitude scientifique ou technique que l’état de l’art ne permet pas de résoudre.
  • Quelles dépenses ? Principalement les salaires des chercheurs et techniciens affectés aux projets, l’amortissement du matériel de recherche, certaines prestations sous-traitées à des organismes agréés et les frais de brevets.
  • Quel avantage ? Un crédit d’impôt calculé sur ces dépenses, imputé sur l’impôt sur les sociétés ; certaines entreprises, notamment les jeunes et petites entreprises, peuvent en obtenir le remboursement sous conditions.

Le crédit d’impôt innovation (CII)

Réservé aux PME, le CII porte sur la conception de prototypes ou d’installations pilotes de produits nouveaux, supérieurs à ceux du marché sur le plan technique, de l’ergonomie, de l’éco-conception ou des fonctionnalités. Il complète le CIR pour des travaux qui relèvent de l’innovation plutôt que de la recherche. Ses conditions ont été modifiées à plusieurs reprises : elles se vérifient chaque année.

Le statut de jeune entreprise innovante (JEI)

Le statut JEI s’adresse aux PME récentes qui consacrent une part importante de leurs charges à la recherche et au développement. Il ouvre droit à des allègements, notamment de charges sociales sur les rémunérations des personnels de recherche. Les conditions d’accès et les avantages ont, eux aussi, évolué ces dernières années.

Comment en bénéficier sereinement ?

  1. Qualifier les projets : distinguer ce qui relève de la recherche, de l’innovation ou du simple développement courant.
  2. Documenter au fil de l’eau : état de l’art, hypothèses, essais, résultats, temps passés par chaque personne.
  3. Sécuriser si besoin par un rescrit auprès de l’administration avant de déclarer.
  4. Chiffrer chaque année avec les règles en vigueur : taux, plafonds et dépenses éligibles changent régulièrement.
  5. Se méfier des promesses de montants élevés rémunérées au pourcentage, sans dossier technique solide.

Le cabinet vous aide à identifier les dépenses éligibles, à préparer les déclarations et à constituer le dossier justificatif, en lien avec vos équipes techniques. Découvrir notre accompagnement des start-up.

Questions fréquentes

Quelle différence entre le CIR et le CII ?

Le CIR finance des travaux de recherche qui lèvent une incertitude scientifique ou technique. Le CII, réservé aux PME, finance la conception de prototypes ou d’installations pilotes de produits nouveaux. Un même projet peut comporter des phases relevant de l’un puis de l’autre.

Peut-on cumuler le statut JEI et le CIR ?

Dans de nombreux cas, oui : le statut JEI allège surtout les charges sociales, tandis que le CIR est un crédit d’impôt. Les conditions s’apprécient chaque année selon les règles en vigueur.

Que faut-il conserver en cas de contrôle ?

Un dossier technique par projet (état de l’art, démarche, résultats), le suivi des temps passés, les justificatifs des dépenses et les qualifications des personnes. C’est ce dossier qui permet de défendre le crédit d’impôt.

Guide mis à jour en octobre 2026. Les taux, plafonds et conditions évoluant à chaque loi de finances, ils sont vérifiés au cas par cas lors de nos missions.


Thierry Poitau — Expert-comptable à Aix-en-Provence